Études et essais 

La Fabrique des Fables. Essai sur la poétique de La Fontaine. Klincksieck, 1991, 19922. Rééd. PUF, «Quadrige», 1996. Nlle édition augmentée, «Librairie Klincksieck», 2010.
Molière ou l'esthétique du ridicule. Paris, Klincksieck, 1992.  Rééd. «Librairie Klinkcsieck», 2002, 20062.
Le « Cas » Argan. Molière et la maladie imaginaire. Paris, Klincksieck, 1993. Rééd. «Jalons critiques», 2006.
Dom Juan ou la critique de la raison comique. Paris, H. Champion, 1993, 20112
La Fontaine ou les métamorphoses d’Orphée. Paris,Gallimard, «Découvertes», 1995, 20022. Nlle édition, 2008.
La Fontaine : l’Abeille et le Papillon. Paris, ADPF/Ministère des Affaires étrangères, 1995.
L’Éloge paradoxal de Gorgias à Molière. Paris, PUF, 1997. (en réimpression aux P.U. Laval, Québec)
Sganarelle et la médecine ou de la mélancolie amoureuse. Paris, Klincksieck, 1998.    Rééd. partielle: L'Amour médecin ou le mentir-vrai de Lucinde. «Jalons critiques», 2006.
Molière et la maladie imaginaire ou de la mélancolie hypocondriaque. Paris, Klincksieck, 1998. Rééd. partielle: Monsieur de Pourceaugnac ou le carnaval des fourbes. «Jalons critiques», 2006 Phèdre de Jean Racine. Genèse et tissure d’un rets admirable. Paris, H. Champion, 1999
Le Premier Francion de Charles Sorel ou le « jeu du roman». Paris, Klincksieck, « Jalons critiques », 2001.
Les Tréteaux de Saturne. Scènes de la mélancolie à l’époque baroque. Paris, Klincksieck, « Le génie de la mélancolie », 2003 (Ouvrage couronné par l’Académie des Inscriptions et Belles Lettres.)
Anthologie de l'humeur noire. Écrits sur la mélancolie d’Hippocrate à l’Encyclopédie. Paris, Le Promeneur/Gallimard, 2005.                                 Génétique matérielle,génétique virtuelle Pour une approche généticienne des textes sans archives Collectif coordonné et édité par Patrick Dandrey, Québec, PU Laval,  2009. Quand Versailles était conté La cour de Louis XIV par les écrivains de son temps Paris, Les Belles Lettres, octobre 2009
*** Éditions critiques
Jean Racine, Andromaque. Édition critique. Hachette, « Le Livre de Poche », 1986, 19932, 20013
Jean de La Fontaine, Fables. Livres VII-XII. Préface. Genève, Slatkine, «Fleuron », 1995.
Pierre Corneille, Polyeucte. Édition critique. Gallimard, « Folio-Théâtre », 1996.
Molière, L’École des femmes. Édition critique. Hachette, « Théâtre de poche », 2000.
Molière, Œuvres complètes, traduites en japonais par Nabuko Akiyama, Préface du tome V, Tokyo, 2000.
Molière, L’Étourdi ou les Contretemps. Édition critique, Gallimard, « Folio-Théâtre », 2002.
Molière, Sganarelle ou le Cocu imaginaire. Édition critique, Gallimard, «Folio-Théâtre», 2004.
Saint-Simon, Intrigue du mariage de M. le duc de Berry (Mémoires, avril-juillet 1710). Édition établie et présentée par Patrick Dandrey et Grégory Gicquiaud, Paris, Flammarion, « GF », 2005. Molière, George Dandin, par la Compagnie des Minuits. Édition établie et annotée par Patrick Dandrey, précédée de « Le cauchemar de George Dandin » par Dominique Barbéris et suivie de « George Dandin, une pastorale burlesque ? » par Patrick Dandrey. Avant-propos de Michel Viel, Paris, Klincksieck, 2007, un vol. 20,5 x 31 cm de 210 p.
Chevalier de Méré, Œuvres complètes,«Préface. La sagesse de l'élégance», par Patrick Dandrey. Ed. crit. par Charles-H. Boudhors, Klincksieck, 2008. Charles Sorel, Polyandre. Histoire comique. Édition critique de Cécile Toublet et Patrick Dandrey. Klincksieck, 2010.
Travaux éditoriaux et éditions d'ouvrages collectifs

Jean Racine, Andromaque. « Lectures intégrales ».
Hachette, « Le Livre de Poche », 1986.

La Voix au XVIIème siècle.
Dir. du numéro 12 de Littératures classiques,1990.

La Fontaine : bibliographie décennale 1980-1989.
N° 3 du Fablier, 1991.

Dictionnaire des Lettres françaises [G. Grente dir.]. XVIIème siècle. Dir. de l’édition révisée,
Paris, Fayard et Livre de Poche, « Pochothèque », 1996.

La Fontaine. 1695-1995.
Dir. du numéro spécial de XVIIème siècle, 1995-2 (47ème année, n° 187).

La Fontaine et la fable.
Co-dir. avec Pierre Brunel du n° spécial 1996 de la Revue de Littérature comparée.

La Fontaine. Œuvres galantes. Anthologie critique (dir.),
Paris, Klincksieck, « Parcours critique », 1996.

 La Fontaine 1695-1995. Actes du colloque du tricentenaire.
Dir. de la publ., Le Fablier, n° 8, 1996.

Molière. Trois comédies « morales ». Anthologie critique (dir.),
Paris, Klincksieck, «Parcours critique», 1999.

Charles Sorel. Histoire comique de Francion. Anthologie critique (dir.),
Paris, Klincksieck, « Parcours critique », 2000.

Du jardin classique et de son imaginaire.
Dir. du numéro 209 de XVIIe siècle, oct.-déc. 2000.

La Fontaine et l’héritage de l’Europe humaniste. Actes du colloque de l’Institut de France.
Dir. de la publ., Le Fablier, n° 13 (2001) et 14 (2002).

L’Illusion au XVIIe siècle.
Co-dir. avec Georges Forestier du n°44 (hiver 2002) de Littératures classiques.

 Le Siècle de Vatel. La table, ses plaisirs et ses périls au XVIIe siècle. Actes de Chantilly.
Co-dir. de la publ. avec Reynald Abad, XVIIe siècle, n° 217, 2002.

Espaces classiques. Actes du cycle de conférences de Paris-Sorbonne 1999-2000.
Dir. de la publ., Études littéraires. Théories, analyses et débats, n° 34 1-2 (Université Laval, Québec), hiver 2002.

De la Polygraphie (17e siècle). Actes du cycle de conférences de Paris-Sorbonne 2000-2001.
Co-dirigé avec Delphine Denis, Littératures classiques, n° 48 (automne 2003).

«Nostalgie et mélancolie: de l'affection morbide à l'affliction morale», De la mélancolie (J. Clair et R. Kopp éd.), Cahiers de la NRF, 2007.